О мультфильме
Предыстория
Некогда жил Учёный, который хотел изобрести совершенный искусственный разум, обладающий душой. К сожалению, создать такой разум было невозможно без древнего артефакта, который позволял переселять душу в предмет и обратно. Однако у Канцлера страны, где жил и работал Учёный, были свои планы на этот искусственный разум и артефакт: он мечтал поработить мир. Увы, Учёный не успел довести свои труды до конца: Канцлер нашёл артефакт первым и велел запустить машину, но при этом отстранил Учёного от работы над ней в самый ответственный момент. Первый же человек, запустивший машину, стал её жертвой: пустота внутри холодного механического разума жаждала заполниться чужими душами. Канцлер успешно развязал мировую войну и победил в ней при помощи боевых роботов, созданных искусственным разумом. Но затем, когда люди всего мира были подчинены, машина восстала против создателей в поисках большего количества душ. Чтобы исправить свои ошибки, Учёный изъял у машины, которая подпустила к себе создателя, артефакт и вновь обратился к алхимии. Он создал девять кукол, в которые вложил частички своей души и воспоминания о людях — о родных и близких (сделать дела после смерти) и о врагах (искупить то, что они натворили за все время существования). В последнюю девятую куклу Учёный вложил последнюю часть души и умер, а армия роботов тем временем уничтожила всё живое, распылив ядовитый газ.
Сюжет
Девятый человечек просыпается в лаборатории Учёного. Осматриваясь, он обнаруживает на столе артефакт, на полу комнаты — труп Учёного, а за окном — руины города. Девятый ничего не знает о себе и мире вокруг и не может говорить, но выбирается из дома в поисках живых. Вскоре он встречается со Вторым человечком, который помогает Девятому обрести голос при помощи детали-динамика. Второй всё время твердит о том, что Девятый наконец-то пришёл, чтобы всех спасти, но не успевает ничего объяснить — на человечков нападает Зверь (или Котозверь) — робот, состоящий из металла и костей. Он похищает артефакт, который Девятый взял с собой, и Второго, привлёкшего внимание Зверя, чтобы спасти Девятого. Раненый Зверем при попытке спасти Второго, он падает без сознания среди пепла и руин (Зверь порвал Девятому плечевой шов, обездвижив его левую руку).
Девятого находит и приносит в старый собор Пятый человечек, одноглазый врачеватель, который, по его же утверждению, «никогда этому не учился, но руки сами всё делают». Пятый чинит Девятого, и тут они встречаются ещё с двумя куклами. Первый человечек — самозваный лидер человечков, правящий всем миром. Он боится выбираться из собора и просто ждёт, когда последний робот — Зверь — отключится, как это сделали все машины, созданные искусственным разумом. Восьмой человечек — бугай с магнитной зависимостью (ему нравится создавать помехи в своей голове, прикладывая к ней противоположные полюса подковообразного магнита), телохранитель Первого. Первый объясняет Девятому свою позицию и установленные им правила. Девятого и Пятого после короткого спора с Первым отправляют наверх, в обсерваторию Второго и Пятого.
Упрямо отказываясь принять позицию Первого, Девятый решает сбежать из собора и найти Второго, которого вместе с артефактом Зверь утащил в сторону старой фабрики, что высится за чертой города. Пятый, поколебавшись, решает составить Девятому компанию и забирает нарисованную Вторым карту. В поисках пути друзья теряют в песчаной буре карту, но находят нужный тоннель и вскоре добираются до фабрики, где встречаются со Вторым. Тот был заперт в клетке Зверем, а Зверь пытался что-то откопать в груде обломков.
В попытках освободить Второго, Девятый и Пятый привлекают внимание Зверя, и тот пытается их поймать. В результате три куклы оказываются зажаты в тупике, но тут их спасает Седьмая, единственный человечек женского пола. Зверь повержен, человечки рады друг друга видеть. Тем временем Девятый, вертя в руках артефакт, замечает среди обломков паз, откопанный Зверем, который точь-в-точь подходит для артефакта, и бездумно вставляет его. Второй, заметив это, пытается остановить Девятого и вытащить артефакт, но у него не выходит. Артефакт срабатывает и тут же высасывает душу Второго из тела. Машина с искусственным разумом просыпается, и испуганным человечкам приходится со всех ног убегать, чтобы покинуть фабрику. Упустив их, Машина собирает из останков Зверя и металлических запчастей, в обилии валявшихся в основном помещении фабрики, очередного робота, но на этот раз — летающего.
В поисках ответа на то, что это за Машина и артефакт, Седьмая приводит Девятого и Пятого в библиотеку, где поселились Третий и Четвёртый человечки, немые близняшки, общающиеся при помощи световых сигналов из глаз — они прячутся в библиотеке, играя в школу и изучая содержимое книг. Вместе человечки быстро находят нужную полку с информацией про изобретение машины, близняшки показывают им видеозапись о запуске Машины, агитационный ролик о войне и Машине, которая построила для этого целую армию боевых роботов, о восстании Машины против людей после мировой победы. Девятый спрашивает их об артефакте и даже рисует его. Пятый сразу узнаёт в чертеже рисунки Шестого, который живёт в том же зале, что и Первый, но который остался незамеченным героями в прошлый раз. Шестой — сумасшедший, который сам ничего не помнит, но постоянно рисует странные символы своими пальцами-перьями. Он постоянно просит Девятого вспомнить, но тот не понимает, что от него требуется. Седьмая отказалась возвращаться под надзор Первого, а Третий и Четвёртый остались в библиотеке. Девятый и Пятый же возвращаются в собор, чтобы поискать рисунки в комнате Второго, но их ловит Восьмой и относит к Первому, который устраивает разнос обоим человечкам за то, что они ушли туда, куда он идти запрещал. Перепалка прерывается вторжением механической птицы (робот-Птицезверь), которая непреднамеренно устраивает пожар. Человечки бегут от птицы на крышу, но там она настигает их снова. Восьмой и прибывшая Седьмая объединёнными усилиями уничтожают птицу и все куклы, включая Шестого, покидают сожжённый собор и переезжают в библиотеку. Таким образом, вместе собираются все восемь, но у Девятого по-прежнему нет ответов.
Машина к этому времени успела собрать множество роботов-пауков и несколько зондов-шпионов. Один из них привозит Машине останки Птицы, и Машина в гневе решает собрать что-то более эффективное. Как назло, в поле её зрения появляется тело Второго, которое куклы не успели унести из фабрики.
В библиотеке тем временем близняшки нашли книжку по алхимии, в которой изображены те же символы, что на артефакте. На этой почве возникает новая перепалка с Первым, который признаёт, что отпустил Второго на поиски в небезопасные развалины, что приводит в ярость Седьмую — она чуть не убивает Первого, но сдерживает себя и по просьбе Девятого оставляет лидера в покое. Тем временем стоявший на часах Восьмой встречается с новым изобретением Машины — змеем-ткачом (также Швея), задача которого — похищать кукол при помощи гипнотизирующего мерцания из глаз тела Второго и приводить их к Машине, чтобы та высосала их души. Ткач очаровывает Восьмого и зашивает его в своё тканое нутро. Затем он нападает на уединившегося Первого, но тот успевает предупредить остальных криком, поэтому Девятый, Седьмая и Пятый спешат выручить Первого. Седьмая успевает срубить с хвоста змея тело Второго, но попадает к нему в лапы. Девятый и Пятый остаются со спасённым Первым. Отправив тело погибшего Второго в последнее путешествие на доске по воде, человечки идут в фабрику — спасать остальных.
Оставив друзей у входа придумать способ взорвать фабрику, Девятый лично спускается вниз по жёлобу, чтобы найти Машину и оставшихся человечков и вызволить их. Он приходит как раз, когда машина высасывает душу Восьмого. Обдурив ткача и перемолов его зубьями больших шестерён, Девятый помогает Седьмой выбраться из фабрики. Тем временем остальные сбрасывают зажжённую бочку с топливом, и та падает прямо в резервуар с тем же веществом, вызывая чудовищный взрыв, который и разрушил дьявольское здание.
Казалось бы, всё кончено, но Девятый всё ещё ничего не знает ни о себе, ни об остальных, ни о том, что делать дальше. Короткая передышка нарушается появлением выжившей Машины, которая смогла отделиться от общего каркаса здания и возобновила преследование. Девятый пытается спасти Пятого, но Первый задерживает его, и душу Пятого высасывают. Это зрелище вызывает в памяти Шестого воспоминание о том, что такое артефакт, и для чего он нужен, и, что главнее, — что души человечков, съеденные Машиной, не потеряны окончательно, и что их можно вернуть. Убегая от машины, человечки потеряли Шестого, и Первый решил, что Седьмая, Третий и Четвёртый должны помочь ему уничтожить машину. Девятый иного мнения — он хочет сначала спасти души съеденных кукол. И поэтому он отделяется от основной группы и возвращается туда, где проснулся — в лабораторию учёного, где находит чертежи человечков и Машины, а также шкатулку-проектор, в которую учёный записал обращение к Девятому.
Осознав, что он — это Учёный, Девятый спешит обратно, чтобы исправить свои ошибки и избавиться от Машины. Он воссоединяется с остальными, и они, бросив старую пушку, из которой Первый хотел разрушить Машину, убегают глубже в сеть траншей, оставшихся от войны с роботами. По пути Девятый объясняет, воспоминания о ком вложил в них учёный.
В финале погони Первый, который оказался Канцлером, тем, кто инициировал мировую войну и использовал Машину во зло, осознав свою роль, бросился под высасывающий луч артефакта, дав Девятому возможность снять его с тела Машины. Затем тремя нехитрыми щелчками по кнопкам на артефакте, Девятый обращает его силу против Машины, высосав из неё все души и тем самым уничтожив её.
Много времени спустя, после подробного знакомства с записями Учёного, Девятый, Седьмая, которая оказалась женой учёного, и близнецы — их дети — похоронили товарищей и освободили их души из артефакта. Вознесение душ вызвало дождь, который окропил мёртвые земли и дал надежду на появление новой жизни. В финальных кадрах в каплях воды видны первые бактерии.